御在所の名の由来については諸説あります。

諸説その１

垂仁天皇の皇女「倭姫命（やまとひめのみこと）」が天照大神の神霊を奉じて、大和の笠縫の宮から伊勢の五十鈴川への旅の途中、菰野で仮の頓宮を設けられました。
頓宮の別名を行在所（あんざいしょ）または御座所（ござしょ）といいます。
ここから御在所とよばれるようになったようです。

行在所　⇒　御行在所　⇒　御在所
御座所　　⇒　　御在所
皇族などの高貴な方が滞在していたということその名が名付けられたということのようです。

歴史こばなし第七集御在所山の名の由来

諸説その２

御産所（ごさんしょ）　⇒　御在所になったという説
菰野に昔から住んでいる方の中にはお産の神様、赤ちゃんの神様がいる山ということを聞いたことがありますが、残念ながら文献等は残っていないようです。

明治の中頃、全国大三角測量のため御在所山の測量をした陸軍省参謀本部測量課が、現地の人に山の名前を聞いたところ、菰野山とよぶ人と御在所山とよぶ人の両方があったようですが、測量課担当者が「御在所山」を選択し、測量した地図に記入したため御在所という名前が定着しました。